1 - A extinção dos benefícios fiscais tem por consequência a reposição automática da tributação-regra.
2 - Os benefícios fiscais, quando temporários, caducam pelo decurso do prazo por que foram concedidos e, quando condicionados, pela verificação dos pressupostos da respectiva condição resolutiva ou pela inobservância das obrigações impostas, imputável ao beneficiário.
3 - Quando o benefício fiscal respeite a aquisição de bens destinados à directa realização dos fins dos adquirentes, fica sem efeito se aqueles forem alienados ou lhes for dado outro destino sem autorização do Ministro das Finanças, sem prejuízo das restantes sanções ou de regimes diferentes estabelecidos por lei.
4 - O acto administrativo que conceda um benefício fiscal não é revogável, nem pode rescindir-se o respectivo acordo de concessão, ou ainda diminuir-se, por acto unilateral da administração tributária, os direitos adquiridos, salvo se houver inobservância imputável ao beneficiário das obrigações impostas, ou se o benefício tiver sido indevidamente concedido, caso em que aquele acto pode ser revogado.
5 - No caso de benefícios fiscais permanentes ou temporários dependentes de reconhecimento da administração tributária, o acto administrativo que os concedeu cessa os seus efeitos nas seguintes situações:
a) O sujeito passivo tenha deixado de efectuar o pagamento de qualquer imposto sobre o rendimento, a despesa ou o património e das contribuições relativas ao sistema da segurança social, e se mantiver a situação de incumprimento;
b) A dívida tributária não tenha sido objecto de reclamação, impugnação ou oposição, com a prestação de garantia idónea, quando exigível.
6 - Verificando-se as situações previstas nas alíneas a) e b) do número anterior, os benefícios automáticos não produzem os seus efeitos no ano ou período de tributação em que ocorram os seus pressupostos.
7 - O disposto nos números anteriores aplica-se sempre que as situações previstas no n.º 5 ocorram: (redação da Lei n.º 42/2016, de 28/12)
a) Relativamente aos impostos sobre o rendimento, no final do ano ou período de tributação em que se verificou o facto tributário e se mantenham no termo do prazo para o exercício do direito de audição no âmbito do procedimento de liquidação do imposto a que o benefício respeita; (redação da Lei n.º 42/2016, de 28/12)
b) Relativamente aos impostos periódicos sobre o património, no momento em que se verificou o facto tributário e se mantenham no termo do prazo para o pagamento voluntário do imposto ou da primeira prestação, quando aplicável; (redação da Lei n.º 42/2016, de 28/12)
c) Nos impostos de obrigação única, na data em que o facto tributário ocorreu. (redação da Lei n.º 42/2016, de 28/12)
d) Quanto às contribuições relativas ao sistema da segurança social, se, no momento em que ocorre a consulta, a situação contributiva não se encontrar regularizada. (redação da Lei n.º 114/2017, de 29/12)
8 - É proibida a renúncia aos benefícios fiscais automáticos e dependentes de reconhecimento oficioso, sendo, porém, permitida aos benefícios fiscais dependentes de requerimento do interessado, bem como aos constantes de acordo, desde que aceite pela administração tributária. .  

Nota - Corresponde ao artigo 12.º, na redacção do EBF que se encontrava em vigor previamente à republicação do mesmo pelo Decreto-Lei n.º 108/2008, de 26/06