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A contrapartida financeira paga pela Entidade Gestora do SDR aos estabelecimentos comerciais e pontos de recolha, legalmente designada por "valor de manuseamento" (frequentemente referida no setor como “handling fee”), compensa o serviço prestado de receção, armazenamento e entrega das embalagens vazias.
Para efeitos fiscais, esta operação consubstancia uma prestação de serviços efetuada a título oneroso, caindo no âmbito de incidência do IVA, nos termos da alínea a) do n.º 1 do artigo 1.º do CIVA. Consequentemente, o retalhista ou ponto de recolha deverá emitir uma fatura à Entidade Gestora com a liquidação de IVA à taxa normal em vigor, incidindo sobre o valor do serviço prestado.

Apesar do valor de depósito constituir um encargo parafiscal ainda que reembolsável, não constitui um crédito do consumidor final sobre o embalador ou quaisquer intermediários na cadeia de distribuição.
Em todas as situações em que o reembolso não se processe em numerário, incluindo formas de pagamento desmaterializadas, o rebate de quaisquer vales comprovativos do retorno ou, caso a modalidade adotada seja troca por troca, vale de compras ou atividades e serviços no exato valor do depósito, deve ser considerado como meio de pagamento na aquisição de quaisquer bens ou serviços. Em circunstância alguma pode ser considerado como crédito ou desconto, mantendo deste modo a neutralidade fiscal naquelas operações.
Quando utilizados programas de faturação, o meio de pagamento (PaymentMechanism) deve ser do tipo “OU” - vide campo PaymentMechanism em Anexo à Portaria n.º 302/2016, de 02 de dezembro.

Aquando da devolução das embalagens usadas em pontos de recolha automática, deve ser emitido um comprovativo da devolução caso seja efetuado através de formas de pagamento desmaterializadas, um comprovativo da doação efetuada no caso do consumidor final optar por efetuar um donativo ou mediante a emissão de um vale comprovativo do retorno que pode ser redimido em numerário ou através de outras modalidades, designadamente, vale de compras, ou atividades e serviços que correspondam ao exato valor do depósito.
Esse documento deve conter uma menção expressa que refira que não é relevante para efeitos fiscais.

Embora, em sede de IVA, a transmissão de embalagens primárias não reutilizáveis seja passível de constituir uma operação sujeita a IVA nos termos do n.º 1 do artigo 1.º do CIVA, devendo ser incluída no valor tributável da operação - alínea b) do n.º 5 do artigo 16.º do CIVA-, o valor do depósito previsto neste diploma, para além de ser obrigatoriamente discriminado, não se encontra sujeito a tributação, nomeadamente, em sede de IVA.
Será conveniente ter presente que uma menção nas faturas como “Não sujeito”, afigura-se insuficiente como motivo justificativo da não aplicação do imposto conforme disposto na alínea e) do n.º 5 do artigo 36.º do CIVA. Sugere-se a utilização de uma menção um pouco mais completa como, por exemplo, “Não sujeito - Decreto-Lei n.º 152-D/2017, de 11 de dezembro”. Menção esta que deve ser exportada para o campo TaxExemptionReason da estrutura do SAF-T (PT) com o correspondente código (TaxExemptionCode) M99.

Com o objetivo de promover a recolha e valorização das embalagens primárias não reutilizáveis de bebidas em plástico, metais ferrosos e alumínio com uma volumetria inferior a 3 litros foi instituído um valor de depósito por cada embalagem abrangida pelo sistema de depósito.
São sujeitos passivos dos montantes de depósito, os embaladores que coloquem no mercado aquelas embalagens, porém, conforme se encontra plasmado no art.º 30.º-E do mencionado decreto-lei, o encargo recai sobre o consumidor final.
A cobrança deste encargo apenas pode ser excluída nas situações de pagamento após o consumo em estabelecimentos do setor HORECA e, ainda assim, se a embalagem for devolvida e o rótulo ou a embalagem não se apresentar danificado, permitindo a legibilidade do símbolo de inclusão no SDR e do código EAN correspondente.
É estabelecido que aquele montante é transmitido ao longo de toda a cadeia de distribuição, devendo ser discriminado em todas as faturas dos diversos intervenientes, incluindo o embalador, desde a colocação da embalagem no mercado até ao ato de venda ao consumidor final.
Para cumprir com este desiderato, deve ser criado um item na sua tabela de produtos e serviços relativo ao supramencionado depósito. Quando utilizado programa de faturação será do tipo (ProductType) “I” - vide tabela 2.4 Product da estrutura do SAF-T PT em Anexo à Portaria n.º 302/2016, de 02 de dezembro.