Ao abrigo do Decreto-Lei n.º 198/2012, de 24 de agosto, devem ser comunicados alguns elementos dos documentos emitidos (faturas, documentos de conferência e recibos de IVA de caixa). Esta comunicação pode ser feita através da submissão de vários ficheiros, de onde serão extraídos automaticamente, pelo sistema e-Fatura, os elementos necessários à comunicação dos documentos. Desde que se garanta a comunicação de todos os documentos, esta pode ser feita, quer através de vários ficheiros (por exemplo, um por posto), quer através de ficheiro único (integrado).
No caso de um ficheiro único, o sistema integrador deve cumprir todos os requisitos do ponto 2.3 do Despacho n.º 8632/2014, de 3 de julho, do Diretor Geral da Autoridade Tributária e Aduaneira.
Desde que cumpridos estes requisitos, a entrega de mais do que um ficheiro relativo aos mesmos documentos (totalmente igual a outro já entregue, ou que contenha alguns documentos já comunicados anteriormente) não gera documentos em duplicado no sistema e-Fatura.
Ao processar os ficheiros, se um documento já constar do sistema e-Fatura, ele é considerado como duplicado, não sendo novamente recolhido. Os documentos em que o estado tenha sido alterado ou que não fizeram parte das submissões anteriores serão recolhidos.
