Os pedidos de reembolso podem ser indeferidos em duas fases do pedido:
- A primeira, verifica-se quando decorrido o prazo fixado na notificação de suspensão do reembolso, por motivo de incumprimento de algum dos requisitos definidos no artigo 3º do DN 18-A. Este indeferimento repõe o crédito, na conta corrente, ficando o mesmo disponivel para utilização em períodos seguintes.
- a segunda, verifica-se quando, por intervenção dos serviços de inspeção, é corrigido o valor do reembolso em valor igual ou superior ao do reembolso solicitado. Nesta situação o sujeito passivo perde o direito ao crédito, podendo inclusivé entrar em situação de débito, caso o valor da correcção ultrapsse o valor do crédito.